Na lokacijama na kojima danas posluju Zagrebačke pekarne Klara d.d., pekarne su postojale još u 19. stoljeću, a do postanka dioničkog društva, organizacijskog oblika u kojima danas djeluju, kompanja je prošla nekoliko faza.
Nacionalizacijom i objedinjavanjem pekarskih zadruga, nakon Drugog svjetskog rata, osnovano je Gradsko pekarsko poduzeće, preteča današnje tvrtke, koje je do osamostaljenja Hrvatske prošlo kroz brojne reorganizacije. U razdoblju od 1952 god. do 1962 god. bilo je podijeljeno na 16 samostalnih pekarskih poduzeća, da bi se 1962. godine "Zagrebački paromlin" i 10 drugih pekarskih poduzeća integrirali u zajedničko poduzeće "Pek-Mlin", koje 1963. god. mijenja ime u "8. maj".
Nova faza u razvoju pekarske djelatnosti počinje u razdoblju od 1966.-1969. god. kada su izgrađeni moderni pekarski proizvodni kapaciteti u Sveticama, Sv. Klari i Samoboru. Pridruživanjem poduzeća "Žitoproizvod" iz Karlovca i "1. maj" iz Siska 1962. god., znatno je prošireno područje pekarske industrije na širi dio zagrebačke regije i veliki dio sjeverne Hrvatske. Tada se mijenja i naziv poduzeća u Žitokombinat "8. maj". Početkom 90-tih Žitokombinat se pretvara u društvo s ograničenom odgovornošću, koje pod imenom "Zagrebačke pekarne" postaje samostalno poduzeće.
Rješenjem Hrvatskog fonda za privatizaciju u svibnju 1993 god."Zagrebačke pekarne" krenule su u privatizaciju poduzeća kao dioničkog društva. U kolovozu 1994 god. privatizirano je 51,41% poduzeća, čime su "Zagrebačke pekarne" stekle status privatnog dioničkog društva.
